ИСТИНА

Введение: Для одного из представителей полухордовых (вид неизвестен) была получена последовательность гена 18S РНК. Выравнивание ее с аналогичными последовательностями других полухордовых выявило две уникальные вставки, природа которых неизвестна. Материалы и методы: Выделение ДНК проводили набором “Диатом” (Изоген) согласно протоколу производителя. Последовательность определяли секвенированием по Сэнгеру, далее выравнивали с гомологичными последовательностями других организмов из базы данных GenBank. Были определены координаты и последовательности двух вставок. Для них получены выравнивания в NCBI BLAST и варианты вторичных структур с помощью программ Ssu-align [1] и Mfold [2]. Также построены филогенетические деревья для 18S рРНК. Результаты: Были получены последовательности 18S рРНК неизвестного вида полухордовых. На основании их анализа определено положение изучаемых организмов на филогенетическом дереве полухордовых. Оказалось, что изучаемый вид сильно отличается от других представителей таксона. Это чрезвычайно интересно, учитывая наличие необычных вставок в вариабельных областях молекулы 18S РНК. Для вставок было определено местоположение, смоделирована вторичная структура 18S рРНК и вставок отдельно. Выводы: Полученные результаты демонстрируют полную идентичность последовательности 18S имеющихся представителей данного вида и их отличие от остальных полухордовых. Главным отличием являются вставки. Версия интронов была отвергнута: длина вставок меньше 100 п.н. Вставки находятся в районах V4, V7. Район V4 - самый вариабельный участок 18S рРНК. Однако такая вставка - явление исключительное: в GenBank похожие вставки из всех полухордовых есть только у Stereobalanus canadensis. Выравнивание самой вставки не дает разумных результатов, а полученные варианты вторичных структур сильно разнятся при схожей энергии Гиббса, поэтому требуется более детальный анализ для установления природы и структуры вставки. [1] (Nawrocki, 2009) [2] (Zuker, 2003)