ИСТИНА

6S РНК регулирует транскрипцию генов в клетке, связываясь с РНК-полимеразой (РНКП) и блокируя её активность. РНКП способна препятствовать этому процессу: используя 6S РНК как матрицу для транскрипции, она синтезирует короткие олиго-рибонуклеотиды – пРНК (product RNA, pRNA), часть которых связывается с 6S РНК и меняет её конформацию. В результате происходит высвобождение РНКП из комплекса с 6S РНК. Особенности синтеза, свойства и функции пРНК в бактериальной клетке мало изучены. Согласно нашим данным 6S РНК R. sphaeroides имеет длину 162 нуклеотидных остатка (н.о.) и посто-янно экспрессируется в клетках с разной эффективностью в зависимости от фаз роста клеточной культуры. Синтез специфи-ческих пРНК длиной 12–16 н.о. в условиях in vivo был продемонстрирован с помощью Нозерн-блоттинга общей клеточной РНК R. sphaeroides: максимум их экспрессии наблюдается в экспоненциальной и переходной фазах роста клеток, что также согласуется с данными RNA-Seq. В экспериментах по транскрипции in vitro при использовании РНКП из E. coli и 6S РНК R. sphaeroides было зафиксировано образование пРНК длиной более 24 н.о. Для установления деталей синтеза и роли пРНК в механизме функционирования 6S РНК разработана схема выделения и очистки РНКП из R. sphaeroides. Она включает осажде-ние белка полиэтиленимином, аффинную, эксклюзионную и анионообменную хроматографии. Показано, что полученная РНКП обладает транскрипционной активностью, начато исследование её взаимодействий с 6S РНК in vitro. В клетках РНКП синтезирует огромное количество пРНК, лишь малый процент которых не диссоциирует из комплекса с 6S РНК, что может свидетельствовать о наличии у пРНК дополнительных функций. Например, пРНК могут взаимодействовать с комплементар-ными последовательностями мРНК, выступая в роли антисмысловых РНК. В ходе биоинформатического анализа мРНК R. sphaeroides был определен набор потенциальных мишеней для пРНК. Энергия гибридизации пРНК с мРНК-мишенями в сред-нем более отрицательная, чем это ожидается по случайным причинам, что позволяет выбрать наиболее вероятных кандидатов. В дальнейшем будет проведен сравнительный анализ уровней экспрессии этих мРНК методом количественной ПЦР в штамме дикого типа и в штамме с делецией гена 6S РНК. Работа проводилась при поддержке РФФИ (грант № 19-04-00791).