ИСТИНА

Терминация биосинтеза белка на рибосоме эукариот контролируется кооперативным взаимодействием двух белковых факторов - eRF1 и eRF3. Фактор первого класса eRF1 содержит три пространственно разделенных домена, каждый из которых может быть ассоциирован со специфической функцией. Так, N-терминальный домен вовлечен в узнавание одного из трех стоп кодонов (UAA, UAG or UGA) матричной РНК в декодирующем центре малой субъединицы рибосомы. Средний (M) домен участвует в гидролизе связи пептидил-тРНК в пептидилтрансферазном центре большой субъединицы рибосомы. C-терминальный домен eRF1 связывается с eRF3, что повышает эффективность терминации трансляции. Информация о структуре eRF1 в растворе и динамических свойствах белка важна для понимания природы этих сложных процессов. Нами были определены структуры высокого разрешения каждого из трех доменов фактора терминации трансляции eRF1 человека (идентификаторы PDB: 2LLX для N-домена, 2HST для M-домена, 2KTV и 2KTU для двух конформеров C-домена). Для каждого из доменов, включая их функционально важные области, были найдены достоверные различия между конформационным состоянием белка в растворе и кристалле. Исследованы динамические свойства белковой цепи с использованием экспериментов ЯМР по измерению параметров релаксации ядер 15N. Методы гетероядерной спектроскопии были использованы для картирования интерфейса взаимодействия M-домена eRF1 с рибосомой эукариот, при этом было показано, что белок специфически связывается с 60S субъединицей рибосомы, в то время, как с 40S субъединицей такого взаимодействия не наблюдается. Были получены отнесения сигналов 1H, 13C и 15N цепи полноразмерного белка eRF1 (~50 kDa). Сравнение параметров ЯМР отдельных доменов и полноразмерного белка проливает свет на сложные динамические свойства полноразмерного eRF1.