ИСТИНА

Молекулярная динамика (МД) – широко распространенный инструмент для исследо-вания биологических макромолекул. Необходимый компонент МД — силовое поле, от ка-чества которого зависит достоверность и воспроизводимость исследований. Наборы пара-метров силового поля для наиболее распространённых составляющих биомакромолекулсчитаются устоявшимися, однако при появлении нестандартных соединений (модифици-рованных аминокислот, разнообразных сахаров и полимеров) появляется необходимостьотдельного подбора параметров. Подбор параметров силовых полей можно производитьс помощью разнообразных сервисов (SwissParam [1] и другие); тем не менее, применениеподобных сервисов ограничено параметризацией молекул лигандов, а не модифициро-ванных аминокислот или нуклеиновых оснований.Одной из широко используемых для МД программ является GROMACS [2]. На дан-ный момент для неё не существует инструментария, позволившего бы просматривать,корректировать и дополнять файлы её топологий в интерактивном режиме. Предложенноенами решение представляет собой программную библиотеку GIFTEd (Gromacs InteractiveForcefield and Topology Editor), позволяющую визуализировать, модифицировать и созда-вать новые файлы структуры и топологии, совместимые с GROMACS, что облегчает руч-ную параметризацию и постановку молекулярно-динамических экспериментов при нали-чии в системе нестандартных аминокислот, нуклеотидов, сахаров и других мономеров.Разработанная нами библиотека была применена для параметризации тимидиновых нук-леотидов, меченных флуоресцентными красками Cy3 и Сy5.Работа поддержана грантом РНФ No 18-74-10006. Работа выполнена с использованиемоборудования Центра коллективного пользования сверхвысокопроизводительными вы-числительными ресурсами МГУ имени М.В. Ломоносова.Литература1.Zoete V., Cuendet M.A., Grosdidier A., Michielin O.SwissParam: A fast force fieldgeneration tool for small organic molecules. //Journal of Computational Chemistry, V.32, 2011.P. 2359-2368.2.Abraham, M. J., Murtola, T., Schulz, R., Páll, S., Smith, J. C., Hess, B., & Lindahl, E.GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism fromlaptops to supercomputers. //SoftwareX,V1. 2015. P. 19-25