ИСТИНА

Бактериальная РНК-полимераза (РНКП) для узнавания промоторов использует специальную сигма-субъединицу, которая образует специфические контакты с промоторной ДНК. Однако, современные структурные исследования показали, что оста-ток гуанина в +2 положении промотора (+2G) может образовывать специфические контакты с так называемым CRE-карманом (от англ. core recognition element) бета-субъединицы РНКП. Роль таких контактов в транскрипции остаѐтся неяс-ной. Цель работы: методами транскрипции in vitro и с помощью экспрессии репортерных конструкций in vivo выявить воз-можную роль этих контактов на разных стадиях транскрипции. Мы показали, что наличие остатка +2G приводит к стабили-зации промоторных комплексов РНКП, а также влияет на синтез коротких РНК-продуктов в процессе абортивной инициа-ции. Мутации остатков РНКП, контактирующих с +2G, снижают стабильность промоторного комплекса и влияют на эффек-тивность ухода РНКП с промотора. Мутации в исследуемом районе также оказывают влияние на скорость элонгациии на продолжительность транскрипционных пауз, за счѐт нарушения узнавания остатка +1G в сигнале паузы, причем структура синтезируемой РНК способна модулировать узнавание данного остатка при формировании пауз. Кроме того, точечные заме-ны и делеции в CRE-кармане приводят к нарушениям терминации транскрипции, предположительно, за счѐт влияния на формирование паузы в участке терминатора. Таким образом, полученные результаты указывают на важную роль контактов CRE-кармана РНКП с ДНК на всех стадиях транскрипции. Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ № 16-34-00824.