ИСТИНА

Одним из механизмов регуляции активности РНК-полимеразы (РНКП) у бактерий является использование в инициации транскрипции вариабельных сигма-субъединиц, которые узнают различные варианты промоторов. За транскрипцию большинства генов отвечает главная сигма-субъединица, остальные сигма-субъединицы называются альтернативными. Для главной сигма-субъединицы было показано, что она способна оставаться связанной с элонгационным комплексом и вызывать остановки синтеза РНК – транскрипционные паузы при взаимодействии с -10-подобным элементом, напоминающим последовательность промотора. У бактерии Escheriсhia coli, помимо главной сигма-субъединицы (сигма70-субъединицы) есть ещё 6 альтернативных сигма-субъединиц. Способны ли они вызывать транскрипционные паузы, не известно. Мы продемонстрировали, что альтернативная сигма38-субъединица способна вызывать транскрипционные паузы на синтетических и природных ДНК-матрицах в системах in vitro. С помощью измерения эффективности образования паузы и анализа связывания сигма-субъединиц методом задержки в геле, мы обнаружили, что сигма38 и сигма70 имеют сходную аффинность к элонгационному комплексу РНКП. Замены в -10-подобном элементе приводят к ослаблению связывания сигма38-субъединицы и уменьшению эффективности паузы. Мы обнаружили мутации в сигма38-субъединице, которые ослабляют и усиливают паузы. Нами получены косвенные данные о том, что сигма-38-зависимые паузы могут выполнять регуляторную роль in vivo. Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ № 15-34-20928.