ИСТИНА

Система репарации неканонических пар нуклеотидов («мисматчей») в ДНК – MMR (от англ. Mismatch Repair) – является важным механизмом поддержания стабильности генома. Один из основных белков системы MMR – белок MutS, сканирующий ДНК и распознающий «мисматчи», связывает также другие структуры ДНК: малые инсерционно-делеционные петли, ДНК с некоторыми окислительными повреждениями, структуры Холлидея. Ранее было показано связывание MutS из Escherichia coli и Homo sapiens с G-квадруплексами. Однако для понимания механизма и роли этого взаимодействия в клеточных процессах необходимы дополнительные сведения. В данной работе методами поляризации флуоресценции и торможения в геле были изучено связывание белка MutS из Escherichia coli с ДНК. Для комплекса MutS и ДНК-дуплекса с T/G-«мисматчем» и флуоресцентной меткой было определено значение константы диссоциации (Kd), составившее 42 нМ. Для оценки сродства MutS к различным типам ДНК-лигандов был применен метод конкурентного вытеснения флуоресцентно-меченого ДНК-дуплекса из комплекса с MutS немечеными ДНК-лигандами различной структуры, связывание которых к MutS охарактеризовано значениями IC50. Установлено, что IC50 уменьшается в ряду канонический ДНК-дуплекс < ДНК с G-квадруплексом < ДНК с (GT)n-петлей < ДНК с T/G-«мисматчем». Таким образом, наличие квадруплексой структуры в ДНК ухудшало связывание с белком по сравнению с ДНК с T/G-«мисматчем» и с (GT)n-петлей. Полученные данные использованы для подтверждения образования G-квадруплексов в протяженных ДНК.