ИСТИНА

Специфические взаимодействия бактериальной РНК-полимеразы (РНКП) с нуклеиновыми кислотами играют важнейшую роль на разных стадиях транскрипции. Одним из элементов РНКП, контактирующих с ДНК, является карман, образованный районом fork-loop2 (FL2) β-субъединицы. Согласно данным рентгеноструктурного анализа, этот карман контактирует с нематричной цепью ДНК в расплавленном участке, образуя специфические контакты с остатком гуанина в +1 положении относительно активного центра РНКП. Целью данной работы являлось установить роль данных контактов на разных стадиях транскрипции. Было показано, что точечные мутации и делеции в данном районе РНКП Escherichia coli снижают стабильность промоторных комплексов и нарушают специфическое узнавание гуанина в +1 положении относительно активного центра. Мутации в районе FL2 также влияют на эффективность ухода РНКП с промотора, изменяют общую скорость элонгации транскрипции, эффективность терминации и влияют на узнавание специфических сигналов пауз транскрипции. На примере одной из регуляторных пауз, his-паузы, мы показали, что остаток гуанина в +1 положении важен для формирования паузы и узнается при участии района FL2. Проведённые исследования in vivo демонстрируют, что некоторые из исследованных мутантных РНКП не способы обеспечивать нормальный рост клеток E. coli. Таким образом, контакты между нематричной цепью ДНК и районом FL2 β-субъединицы РНКП имеют важное значение на всех стадиях транскрипции.