ИСТИНА

Имидазолглицерол-фосфат дегидратаза из Mycobacterium tuberculosis (HisB Mt) - фер- мент, катализирующий превращение имидазолглицрол-фосфата (IGP) в имидазолацетол- фосфат (IAP) в биосинтезе гистидина, присутствующим только у растений и микро- организмов. В свою очередь аминокислота гистидин необходима для роста и развития животным, микроорганизмам и растениям [1]. Так как белок HisB отсутствует у млекопи- тающих, то возникает возможность использовать его в качестве мишени для селективного драг-дизайна. В данной работе был произведен поиск новых ингибиторов для белка HisB методами виртуального скрининга с использованием интернет-сервиса Mcule [2]. Для скрининга был выбран белок HisB в связи с субстратом (PDB ID: 4LOM). После этого была создана мо- дель активного центра белка HisB, представляющая из себя тример, где центром области докирования были выбраны координаты атома фосфатной группы субстрата. Был получен набор из 974 лигандов. Из них были отобраны четыре с наибольшими зна- чениями изменения оценочной функции докинга, а также удовлетворяющими правилам Липински. С помощью метода молекулярной динамики, используя программный пакет GROMACS [3], произведено уточнение положений ингибиторов в области активного цен- тра, а также определены аминокислотные остатки, отвечающие за связывание выбранных лигандов с активным центром белка. Полученные данные будут использованы в будущем для дальнейшего поиска ингибиторов HisB Mt - потенциальных противотуберкулезных лекарственных средств. Данная работа была выполнена с использованием высокопроизводительных вычисли- тельных ресурсов федерального центра коллективного пользования в НИЦ «Курчатов- ский институт» [4]. Источники и литература 1) M.S. Ahangar, R. Vyas, N. Nasir and B.K. Biswal: Structures of native, substratebound and inhibited forms of Mycobacterium tuberculosis imidazoleglycerol-phosphate dehydratase// Acta Crystallographica Section D, 2013, D69, p. 2461–2467. 2) MCULE: https://mcule.com 3) GROMACS: http://www.gromacs.org 4) http://computing.kiae.ru