Компьютерное моделирование тризамещенных 3,7-диазабицикло[3.3.1]нонанов в качестве потенциальных ингибиторов сериновых протеаздипломная работа (Специалист)
Аннотация:1) Проведено успешное компьютерное моделирование производных диазабициклононанов как потенциальных ингибиторов сериновых протеаз.
2) Создана виртуальная библиотека из 438 соединений, имеющих общий бициклононановый каркас и отличающихся заместителями при N(3), N(7), C(1), C(2) и C(9).
3) С помощью программ PASS, SEA, Molinspiration проведено профилирование стартовой библиотеки из 32 бициклононанов на потенциальные виды биологической активности. Поиск не выявил потенциальных интересных мишеней.
4) Разработана методика оптимизации соединений виртуальной библиотеки с учетом энергии связывания, стерического соответствия и заполнения кармана S1. Дополнительно учитывалось влияние гидрофобных контактов, водородных связей и возможного галоген-π-взаимодействия.
5) На основании совокупности критериев, основанных как на данных докинга, а также на селективности и на физико-химических свойствах, предложено 6 потенциальных кандидатов для фактора Ха и 3 потенциальных кандидата для тромбина.