|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Компьютерный дизайн трехмерной полноатомной структуры аспартат N-ацетилтрансферазы человекадипломная работа (Магистр)
- Научные руководители: Поляков Игорь Вадимович, Шайтан А.К.
- Автор: Книга Артем Евгеньевич
- Тип: Магистр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2019
- Аннотация: Актуальность дипломного проекта “Компьютерный дизайн трехмерной полноатомной структуры N-ацетилтрансферазы аспартата человека” определяется фундаментальной значимостью проблемы складывания белков для медицины и биотехнологии. Целью данной работы является построение полноатомной трёхмерной структуры фермента N-ацетилтрансферазы аспартата NAT8L человека. Для достижения намеченной цели были поставлены следующие задачи исследования: Изучение литературы по теме НИР. 1. Построение модели по гомологии апо-формы каталитического домена фермента 2. Построение модели холо-формы каталитического домена фермента в присутствии кофактора 3. Построение модели апо-формы фермента включающей мембранный якорь 4. Валидация протокола получения апо-формы фермента на примере похожего белка 5. Уточнение модели фермента и включение молекулы кофактора 6. Докинг аспартата в полученную модель Объектом исследования является мембранно-ассоциированная N-ацетилтранс аспартата человека NAT8L. Предмет исследования - термодинамическое исследование фолдинга белка в растворе. Методологической основой проекта является представление о нативной структуре белковых молекул как о глобальном минимуме её энергетической гиперповерхности, способе расчета энергии отдельных конформаций и методе сэмплинга конформационного пространства. В ходе исследования были использованы следующие экспериментальные методы: 1. Монте-Карло Марковских цепей для сэмплинга конформационного пространства 2. Анализа прямого сопряжения (DCA) методом глубоких полных остаточных сетей для получения карт контактов аминокислотных остатков 3. Выравнивания белковых cтруктур и аминокислотных последовательностей Научная и практическая значимость дипломной работы состоит в объяснении экспериментальных данных о влиянии точечных мутаций на активность,константу Михаэлиса и константу скорости реакции ацетилирования, а также потенциальной возможности применения полученной трёхмерной полноатомной модели фермента N-ацетилтрансферазы аспартата человека для изучения её динамики, катализа, влияния единичных нуклеотидных полиморфизмов, разработки in vitro ингибиторов и т.д. Гипотеза исследования состояла в представлении о структурной основе связывания фермента NAT8L с мембраной ЭПР как монотопного интегрального мембранного белка. В соответствии с литературными экспериментальными данными построение корректной модели активного сайта, необходимой для изучения каталитического акта переноса ацетильной группы, должно включать в себя предсказание структуры мотива ответственного за локализацию фермента на цитоплазматической поверхности мембраны ЭПР. Обстоятельства тесной связи между локализацией и каталитическим свойством является предметом изучения данной работы.
- Добавил в систему: Поляков Игорь Вадимович