ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
|
ФНКЦ РР |
||
В настоящее время нуклеотидные и аминокислотные последовательности используются для реконструкции филогении чаще, чем морфологические признаки. Использование молекулярных признаков позволяет преодолевать ошибки в систематике и таксономии, а также сравнивать между собой организмы высоких таксономических рангов даже при отсутствии у них сопоставимых морфологических признаков. Митохондриальная ДНК является популярным маркером для филогенетических исследований благодаря таким уникальным особенностям, как множественная копийность в отдельных клетках, относительно малый размер генома, преимущественное наследование по материнской линии без рекомбинации и высокая частота нуклеотидных замен. Митохондриальные гены отличаются высокой консервативностью набора в сочетании с высокой частотой мутаций и наличием как консервативных, так и вариабельных сайтов, что упрощает подбор праймеров и обеспечивает значимый филогенетический сигнал. В данной работе проведено изучение структурных и эволюционных особенностей быстро эволюционирующих (дивергентных) митогеномов беспозвоночных животных и исследована применимость различных типов анализа молекулярных данных для поиска родственных связей на основе митохондриальной ДНК. Были использованы молекулярно-генетические (секвенирование ДНК и РНК, обработка ДНК рестриктазами и нуклеазами), биоинформатические (аннотация митогеномов, определение первичных и вторичных нуклеотидных последовательностей, анализ порядка генов, филогенетический анализ, анализ синапоморфий) и статистические методы научного исследования. Было аннотировано восемь митохондриальных геномов беспозвоночных животных: киноринх (Echinoderes svetlanae и Pycnophyes kielensis), ортонектид (Intoshia linei), дициемид (Dicyema sp.) волосатиков (Gordionus alpestris, Gordionus wolterstorffii, Gordius sp. и Chordodes sp.). Полученные данные были использованы для предсказания аминокислотных последовательностей кодируемых белков, тРНК и рРНК, а также проведения филогенетического анализа. Полученные результаты расширяют выборку доступных для анализа последовательностей митохондриальных геномов беспозвоночных животных, в том числе предсказанных аминокислотных последовательностей митохондриальных белков и вторичных структур тРНК. Найден метод оценки частот гомоплазии одиночных аминокислот и порядка митохондриальных генов с применением базы данных RefSeq. Показано, что вероятность независимого появления одинаковых аминокислот в митохондриальных белках, оцененная по базе данных RefSeq, может быть применена в филогенетическом анализе. Применение модели сайт-специфичных замен (САТ) в филогенетическом анализе позволило снизить или преодолеть эффект притяжения длинных ветвей (LBA). Синапоморфии одиночных аминокислот и порядка расположения митохондриальных генов могут применяться как дополнительный метод при анализе родства даже в случае сильно дивергированных последовательностей. Ортонектиды и дициемиды не группируются в монофилетичный таксон Mesozoa.
№ | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
---|---|---|---|---|---|
1. | Сведения об официальных оппонентах, включая публикации | Сведения об официальных оппонентах, включая публикации | Svedeniya_ob_opponentah_Nikolaeva.pdf | 300,7 КБ | 7 июня 2022 |
2. | Отзыв на автореферат | Отзыв на автореферат- Балакирев Е.С. | OTZYiV_Avtoreferat_BalakirevES.pdf | 47,8 МБ | 20 июня 2022 |
3. | Отзыв на автореферат | Отзыв на автореферат - Матросова В.А., Полтараус А.Б. | Otzyiv_avtoreferat_MatrosovaVA_PoltarausAB_zakr.PDF | 1,2 МБ | 21 июня 2022 |
4. | Отзыв научного руководителя/консультанта | Отзыв научного руководителя | Otzyiv_nauchnogo_rukovoditelya_Nikolaeva.PDF | 897,4 КБ | 17 мая 2022 |
5. | Отзыв на автореферат | Отзыв на автореферат - Семенов С.К. | Otzyiv-avtoreferat_SemenovSK.pdf | 2,1 МБ | 20 июня 2022 |
6. | Отзыв на автореферат | Отзыв на автореферат - Марфенин Н.Н. | Otzyiv_avtoreferat_MarfeninNN.PDF | 1,5 МБ | 20 июня 2022 |
7. | Сведения о научном руководителе | Сведения о научном руководителе | Svedenija_o_nauchnom_rukovoditele_Nikolaeva.pdf | 279,3 КБ | 20 мая 2022 |
8. | Заключение диссертационного совета по диссертации | Заключение диссертационного совета по диссертации | zaklyucheniya_dissoveta_Nikolaeva_2.pdf | 172,8 КБ | 4 июля 2022 |
9. | Автореферат | Автореферат | Avtoreferat_Nikolaeva_Istina.pdf | 2,3 МБ | 16 мая 2022 |
10. | Полный текст диссертации | Полный текст диссертации | Dissertatsiya_Nikolaeva_Istina.pdf | 6,5 МБ | 16 мая 2022 |
11. | Решение дисс.совета о приеме/отказе к защите | Протокол заседания диссертационного совета о приеме к защите | protokol_priem_zaschita_Nikolaeva.PDF | 677,5 КБ | 16 мая 2022 |
12. | Отзыв на автореферат | Отзыв на автореферат - Бутаева Ф.Г. | Otzyiv_avtoreferat_ButaevaFG.PDF | 2,6 МБ | 20 июня 2022 |
13. | Отзыв официального оппонента | Отзыв официального оппонента - Римская-Корсакова Н.Н. | Otzyiv_ofitsialnogo_opponenta_Rimskaya-KorsakovaNN.PDF | 6,7 МБ | 15 июня 2022 |
14. | Отзыв официального оппонента | Отзыв официального оппонента - Животовский Л.А. | Otzyiv_ofitsialnogo_opponenta_ZhivotovskijLA.PDF | 7,0 МБ | 10 июня 2022 |
15. | Отзыв официального оппонента | Отзыв официального оппонента - Холодова М.В. | Otzyiv_ofitsialnogo_opponenta_HolodovaMV.PDF | 6,8 МБ | 10 июня 2022 |
16. | Отзыв на автореферат | Отзыв на автореферат - Щепетов Д.М. | Otzyiv_avtoreferat_SchepetovDM.PDF | 617,3 КБ | 17 июня 2022 |