Мультигенная филогения и морфологический анализ северной ветви рода Lotus в связи с проблемой разграничения Lotus и DorycniumНИР

Multigene phylogeny and morphological analysis of the northern lineage of the genus Lotus in connection with the problem of distinguishing between Lotus and Dorycnium

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 9 января 2019 г.-31 декабря 2019 г. Мультигенная филогения и морфологический анализ северной ветви рода Lotus в связи с проблемой разграничения Lotus и Dorycnium
Результаты этапа: Изучены гербарные коллекции ISTE, ANK, GAZI (Турция), LE (Россия), MA (Испания) по секциям Lotus, Dorycnium и Bonjeanea рода Lotus, проведена морфометрия 82 образцов, отобрано ок. 100 проб для выделения ДНК. База данных ДНК Lotus (incl. Dorycnium) пополнена 143 образцами, 80 из которых выделены в 2019 г. Филогенетический анализ рода Lotus L. с расширенной представленностью секций Dorycnium и Bonjeanea, проведенный по ITS яДНК и trnL-F хпДНК, выявил следующие закономерности: в пределах преимущественно средиземноморских ареалов видов секции Bonjeanea, Lotus hirsutus, L. rectus и L. strictus, выявляется генетико-географическая подразделенность на западную и восточную части, наиболее четко проявляющаяся по маркеру ITS. Комплекс Lotus dorycnium обособляется в виде отдельной клады по маркеру ITS, но не отделим от L. hirsutus по пластидному маркеру trnL-F. Последний вывод подтвержден и филогенетическим анализом по набору четырех пластидных маркеров (psbA-trnH, интрону rps16, интрону trnL, trnL-F). Внутри комплекса L. dorycnium выделение отдельных видов или подвидов не поддержано, однако выделяются отдельные клады: западно-европейская клада с преобладанием L. dorycnium ssp. gracile и средне-европейская клада c преобладанием L. germanicus, а по пластидным данным также клада с преобладанием L. dorycnium ssp. anatolicum. Дискриминантный анализ комплекса L. dorycnium по 16 морфологическим признакам показал разделение на три группы: 1 - L. dorycnium ssp. anatolicum, 2 – L. germanicus и L. dorycnium ssp. haussknechtii, 3 – L. herbaceus, L. dorycnium и б.ч. D. intermedium. Изучено анатомическое строение плодов восьми видов рода Lotus из секций Dorycnium, Bonjeanea и Lotus. Анатомическое строение перикарпия у исследованных видов в целом сходно, выявлены некоторые количественные отличия. В естественных условиях окр. г.Сочи и в ботаническом саду МГУ собран и зафиксирован материал цветков, прицветников и прилистников пяти видов Lotus (incl. Dorycnium) для исследования нектаников и экстрафлоральных железок с применением ТЭМ и световой микроскопии, проводится отладка методики.
2 1 января 2020 г.-26 декабря 2020 г. Мультигенная филогения и морфологический анализ северной ветви рода Lotus в связи с проблемой разграничения Lotus и Dorycnium
Результаты этапа: Выделена ДНК 45 образцов Lotus. Получены новые последовательности: 56 последовательностей nrITS1-2, 61 последовательность trnL-F и 68 последовательностей rps16 хпДНК. Исследована эволюционная история видов секции Bonjeanea рода Lotus и сближаемых с ней видов в контексте эволюции рода в целом с использованием филогенетического, филогеографического и датировочного анализа. Из трех видов секции L. rectus и L. hirsutus имеют широкое распространение в Средиземноморье, в то время как L. strictus имеет дизъюнктивный ареал в Болгарии, Турции, Армении, Восточном Казахстане и прилегающих частях России и Китая. Реконструкции филогении Lotus с расширенной представленнностью группы Bonjeanea проведена по nrITS1-2 и набору пластидных данных (rps16 и trnL-F). Филогеографические закономерности внутри каждого вида проанализированы по набору пластидных маркеров. Оценка времени дивергенции Loteae, Lotus и его отдельных ветвей проведена по nrITS1-2 в программе BEAST. Наши результаты подтвердили немонофилетический характер секции Bonjeanea. Они указывают на то, что Lotus, вероятно, дивергировал примерно 15,87 [9,99–19,81] млн. лет назад, что намного старше, чем полученная ранее оценка ок. 5,54 млн. лет (Jaén-Molina et al., 2021). Предполагаемый возраст дивергенции L. strictus, L. rectus и L. hisrutus (6,1, 4,94 и 4,16 млн. лет, соответственно), видимо, намного предваряет наступление средиземноморского климата современного типа. Наши данные позволяют предположить, что относительно древние геологические события и/или климатические изменения, по-видимому, сыграли роль в ранней диверсификации рода Lotus и его основных клад, а также в формировании филогеографических паттернов, по крайней мере у некоторых видов. Настоящее исследование подтверждает наши более ранние - довольно неожиданные - выводы (Kramina et al., 2016) о тесных отношениях между L. hirsutus и членами комплекса L. dorycnium с сильным несоответствием между пластидными и ядерными данными. Изучено развитие бобов: многосеменного у L. corniculatus и односеменного у L. herbaceus, выявлены различия в скорости одревеснения и ориентации косо-восходящих волокон пергаментного слоя.
3 1 января 2021 г.-28 декабря 2021 г. Мультигенная филогения и морфологический анализ северной ветви рода Lotus в связи с проблемой разграничения Lotus и Dorycnium
Результаты этапа: Lotus dorycnium L. (= Dorycnium pentaphyllum Scop.) представляет собой комплекс таксонов, разными авторами относимых к Dorycnium или Lotus, с широким средиземноморским ареалом, простирающимся на севере до Центральной и Восточной Европы и на востоке до Крыма, Кавказа и Западного Прикаспия. Молекулярно-филогенетические данные подтверждают включение комплекса L. dorycnium в род Lotus. Проведено изучение филогении, филогеографии и морфологической изменчивости комплекса L. dorycnium на всем ареале с целью установления основных тенденций генетической и морфологической дифференциации этой группы. Результаты морфологического анализа показали некоторую степень морфологической дифференциации, при этом L. dorycnium ssp. herbaceus, ssp. gracilis и ssp. anatolicus были лучше отделены от других подвидов, тогда как ssp. dorycnium, ssp. germanicus и ssp. haussknechtii практически невозможно отличить друг от друга. Филогенетическое изучение комплекса L. dorycnium на основе nrITS выявило тенденцию к географической дифференциации на западную, восточную и турецкую группы. Филогенетический и филогеографический анализы той же группы образцов по объединенному набору пластидных маркеров (trnL-F, rps16, psbA-trnH) продемонстрировали низкое разрешение как между комплексом L. dorycnium и видом L. hirsutus L. из секции Bonjeanea, так и внутри комплекса L. dorycnium, что можно рассматривать как свидетельство сочетания неполной сортировки линий и гибридизации. Статья сдана в печать, Kramina et al., Plants. Несколько выборок из популяций лядвенцев Lotus corniculatus s. l. и L. zhegulensis из секции Lotus исследованы с использованием микросателлитных и нескольких секвенированных ядерных (ITS) и пластидных (atpBrbcL, ndhC-trnV, rpl32-trnL(UAG), trnH-psbA, trnL-trnF) маркеров. В анализ включены 9 локальных популяций в долине Волги от Ульяновска до Волгограда, а также 2 популяции из Липецкой и Московской областей. Анализ микросателлитных маркеров в программе STRUCTURE разделил исследованную выборку на три генетических кластера. Популяции из Московской и Липецкой областей и 3 локальные популяции из locus classicus L. zhegulensis в Самарской области оказались в наибольшей степени генетически дифференцированными, в то время как остальные популяции оказались генетически смешанными с разной пропорцией участия всех трех кластеров. Низкие попарные значения Fst указывают на слабую генетическую дифференциацию популяций Lotus и говорят о внутривидовом характере наблюдаемой изменчивости. Анализ секвенированных пластидных и ядерных последовательностей ДНК выявил их малую информативность. Наблюдаемые замены и индели преимущественно носят характер аутапоморфий и характеризуют отдельные образцы или небольшие группы образцов, но не популяции в целом. Таким образом, проведенное нами исследование позволяет прийти к уверенному выводу, что популяции Lotus с правого берега р. Волги в окрестностях Жигулевской возвышенности, описанные как L. zhegulensis, генетически слабо дифференцированы от других популяций Lotus corniculatus s. l. и, соответственно, не заслуживают рассмотрения в ранге самостоятельного вида. Опубликована статья Т.Е.Крамина и др., Turczaninowia, 2021. С применением бинокулярного микроскопа и СЭМ на репрезентативных выборках изучены морфология и ультраструктура семян видов Lotus из секций Dorycnium (L. dorycnium ssp. herbaceus, L. d. ssp. gracilis, L. d. ssp. germanicus, L. dorycnium ssp. dorycnium, L. graecus), Bonjeanea (L. rectus, L. hirsutus и L. strictus) и Lotus (L. corniculatus). Всем изученным видам свойственна консервативная структура семян, характерная для подсемейства Papilionoideae (Gunn, 1981). Диагностическое и таксономическое значение морфологических признаков семян у изученных видов ограничено. Размер, форма и окраска семян лишь частично позволяют различать виды в исследуемой группе. Наибольшие различия выявлены между видами Lotus секции Bonjeanea. Это коррелирует с высокой степенью генетической изоляции видов этой секции, которая была выявлена при филогенетическом анализе рода Lotus (Kramina et al., 2021). В то же время разделение видов внутри секции Dorycnium по размерам и внешней морфологии семян проблематично, более того, размерные признаки семян не позволяют отличить L. hirsutus от видов Lotus секции Dorycnium. Это согласуется с недавно полученными результатами молекулярно-филогенетического исследования, показавшими отсутствие генетической изоляции между L. hirsutus и L. dorycnium по маркерам пластидной ДНК (Kramina et al., в печати). Анализ ультраструктуры семян показал, что ультраструктура поверхности вокруг рубчика у изученных видов очень консервативна, тогда как на боковой стороне семени более изменчива. Наше исследование показало, что типы ультраструктуры поверхности на латеральной стороне семян не коррелируют с таксономическим положением вида, а скорее отражают адаптации к эколого-географическим условиям произрастания видов. Выявлена разница в степени развития эндосперма между изучаемыми видами, которые разделились на две группы: с тонким (L. strictus, L. corniculatus) и достаточно толстым эндоспермом (остальные виды). Мы не считаем тонкий эндосперм, наблюдаемый у L. strictus и L. corniculatus, примитивным состоянием признака, а полагаем, что этот признак скорее свидетельствует об ускорении развития при распространении из субтропической в умеренную климатическую зону. Статья сдана в печать, T.E.Kramina and S.V.Polevova, Turczaninowia. Изучено анатомическое строение бобов на ранних стадиях развития у L. corniculatus из секции Lotus. Видно постепенное формирование пергаментного слоя и внутреннего паренхимного слоя из внутренней эпидермы плодолистика. Также в ходе развития прослеживается постепенное формирование слоя из клеток с коричневым содержимым в наружном слое мезокарпия, при этом эндокарпий таких клеток лишен. Для секции Lotus, к которой относится L. corniculatus, такие клетки в эндокарпии не характерны. Изучена ультраструктура поверхности бобов у L. graecus, L. dorycnium ssp. herbaceus, L. dorycnium ssp. gracilis, L. hirsutus, L. rectus, L. strictus, L. corniculatus. У всех видов в эпидерме обнаружены устьица. Скульптура поверхности разнообразна, что связано и с разной формой клеток эпидермы, и с разной толщиной и формой отложения кутикулы и эпикутикулярных восков. Последний признак наиболее вариабелен. Наиболее слабые отложения воска, представленные отдельными небольшими фрагментами округлой или неправильной формы представлены у средиземноморских видов L. hirsutus и L. rectus. Для L. dorycnium ssp. herbaceus, L. d. ssp. gracilis и L. corniculatus характерны средние по обилию отложения воска как неправильно-округлой, так и игольчатой формы. Наиболее обильное отложение воска с преобладанием игольчатых и разветвленных кристаллов характерно для L. graecus и особенно для L. strictus, для которого характерны и обильные кутикулярные отложения в виде бугорков. Исследования по плодам будут продолжены. С применением световой микроскопии и методов гистохимии были изучены экстрафлоральные железки у Lotus herbaceus, Lotus graecus, Lotus japonicus. У видов Lotus экстрафлоральные железки формируются из прилистников и прицветников. Они мелкие, обычно темные, красно-коричневого или буро-коричневого цвета. У исследованных видов Lotus herbaceus, Lotus graecus и Lotus japonicus железки из прилистников достаточно хорошо видны на молодых листьях, потом они усыхают и становятся практически незаметными. На молодых участках побега железки представляют собой округлые или чаще эллипсоидальные, сужающиеся кверху образования, состоящие из желто-коричневых (в верхней части) и практически неокрашенных (в нижней части) клеток. Все клетки примерно одинакового размера, изодиаметрические, тонкостенные, каких-либо изменений в химическом составе клеточных стенок (лигнификация, суберинизация) не выявлено. Практически весь объем клетки занят вакуолью, какие-либо другие органеллы клетки с помощью световой микроскопии не выявляются. В ходе проведения реакции с хлорным железом (качественная реакция на наличие дубильных веществ) железки полностью окрашиваются в сине-черный цвет. Реакция довольно длительная, окрашивание первых (самых наружных) клеток выявляется приблизительно через 35-40 минут после начала реакции. Полное окрашивание происходит в течение 2-2,5 часов. Неокрашенными остаются клетки в основании железки. Выводы: экстрафлоральные железки трех видов Lotus-Dorycnium представляют собой массивы слабо специализированных паренхимных клеток с крупными вакуолями, клеточный сок которых содержит дубильные вещества (танины). С применением ТЭМ изучены железистые прицветники у Lotus graecus и прилистники у пяти других видов рода Lotus: L. herbaceus, L. hirsutus, L. japonicus, L. ucrainicus и L. ornithopodioides. Предварительные выводы: 1. Клетки прицветников и прилистников изученных видов, имеющих вид темных железок, в целом имеют сходное строение и предположительно содержат танины (по результатам цветной реакции, световая микроскопия). Они не являются секреторными как на зрелой стадии развития, так и на более ранней, когда они имеют еще светлую окраску. В протопластах клеток не выявлено никаких структур, которые можно было бы интерпретировать как характерные для секретирующих клеток. В наружной клеточной стенке не выявлено каналов, полостей или других структур, могущих служить для выделения секрета на поверхность клеток, но утонченность наружных клеточных стенок прилистников по сравнению с окружающими структурами, позволяет предположить, что в молодом состоянии прилистники легко могли выделять водные растворы через очень тонкую наружную клеточную стенку. 2. Прицветники отличались от прилистников более толстой наружной клеточной стенкой, сопоставимой по толщине с таковой у окружающих структур. Однако исследованных данных по прицветникам недостаточно. 3. Содержимое вакуоли в клетках прилистников и прицветников одинаково. Разнообразие обликов, вероятно, связано с разной степенью деструкции содержимого, которая происходит довольно быстро. Исследование железистых структур, образованных прилистниками и прицветниками, будет продолжено уже за рамками настоящего проекта.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".