![]() |
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Проект посвящен реконструкции эволюционной истории биологических мембран. Эта реконструкция имеет важное фундаментальное значение, поскольку она позволяет предоставить информацию о движущих силах разделения основных форм жизни. Действительно, фосфолипидная мембрана является единственной клеточной системой, которая фундаментально различается у бактерий и архей. Хотя общая схема строения липидных двухцепочечных молекул одинакова, но химически они представляют собой совершенно разные соединения. Гидрофобные части архейных мембранных липидов являются изопреноидами, а у бактерий и архей в мембранах содержатся жирнокислотные «хвосты». Изомеры глицеролфосфата в мембранных фосфолипидов всех архей и бактерий различаются по хиральности. За исключение нескольких случаев, в бактериальных липидах гидрофобные части присоединяются к глицеролфосфату сложными эфирными связями, в то время как у архей связи между ними простые эфирные. Наконец, различаются и ферменты липидного метаболизма. Реконструкция эволюции биологических мембран напрямую невозможна, поскольку молекулы липидов, в отличие от молекул РНК или белков, не содержат эволюционной информации. Таким образом, мы решили проследить эволюционную историю липидов через эволюционную историю ферментов их метаболизма. Помимо реконструкции эволюции этих ферментов и выводов об эволюции липидов планируется сопоставление сложившейся картины с имеющимися представлениями об эволюции мембранных ферментных комплексов.
другие гранты РФ, Фонд Дмитрия Зимина «Династия», Программа поддержки молодых биологов, специализирующихся в области молекулярной и клеточной биологии |
# | Сроки | Название |
1 | 1 мая 2014 г.-1 мая 2015 г. | Реконструкция эволюции биологических мембран методом филогеномного анализа |
Результаты этапа: В рамках технического подготовительного этапа были реализованы программы (в виде скриптов на языке Python), позволяющие: (1) наносить различную информацию из сторонних источников (например, сведений о доменной структуре выровненных белков) на множественное выравнивание; (2) окрашивать филогенетическое дерево по таксономической принадлежности организмов, белки из которых представлены на дереве, автоматически. Поскольку дальнейшая реализация проекта подразумевает работу с множественными выравниваниями белков, принадлежащих Кластерам Ортологичных Групп (КОГам), которые могут содержать белки с разной доменной структурой, а также с филогенетическими деревьями, построенными на основании этих выравниваний, реализация указанных выше алгоритмов облегчает многие рутинные задачи, которые предстоит выполнять, позволяет извлекать дополнительную информацию из множественного выравнивания и выполнять улучшение множественного выравнивания вручную. |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".