![]() |
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Разработать методы синтеза ранее неописанных олигонуклеотидов, содержащих в С5-положении пептид Gly-Gly-His (ATCUN); провести синтез набора модифицированных ДНК-субстратов интегразы ПВЧ с учетом анализа данных литературы.
1. Было опробовано три метода получения конъюгатов олигонуклеотидов с пептидом Gly-Gly-His (ATCUN): присоединение аминокислотных блоков к иммобилизованному олигонуклеотиду с амино-содержащим линкером; синтез 2’-дезоксиуридинового фосфорамидитного производного с присоединенным пептидом; циклоприсоединение между ATCUN-пептидом с азидной группировкой и алкин-содержащим олигонуклеотидом. К сожалению, первые два способа получения конъюгатов не привели к желаемым результатам вследствие низких выходов продуктов реакций присоединения, а также потерь при снятии защитных группировок. Тем не менее использование третьего подхода позволило получать конъгаты с выходами до 90-95%. 2. Был проведен анализ структуры интасомы ПВЧ с использованием данных рентгено-структурного анализа с целью выбора положений ДНК-субстрата, которые сближены с аминокислотными остатками интегразы ПВЧ. 3. Проведен синтез двух наборов модифицированных ДНК-субстратов интегразы ПВЧ, содержащих ATCUN-пептиды в первом, седьмом и одиннадцатом положениях процессируемой цепи, а также в третьем и пятом положениях непроцессируемой цепи, различающихся длиной линкера между олигонуклеотидом и пептидом.
грант РФФИ |
# | Сроки | Название |
1 | 27 июня 2012 г.-31 декабря 2013 г. | Создание реакционноспособных аналогов олигонуклеотидов для необратимого ингибирования ДНК-связывающих белков и изучения строения ДНК-белковых комплексов |
Результаты этапа: На данном этапе была отработана методика синтеза конъюгатов олигонуклеотидов с ATCUN-пептидами, позволяющими генерировать кислородные радикалы в присутствии ионов двухвалентной меди. Введенные в состав ДНК-субстратов различных белков ATCUN-пептиды будут способны катализировать окислительную деструкцию белков в комплексе с ДНК. Отработка условий получения конъюгатов позволила выбрать реакцию циклоприсоединения между ATCUN-пептидом с азидной группировкой и алкин-содержащим олигонуклеотидом как наиболее эффективную. С использованием данной методики было синтезировано два набора из пяти аналогов ДНК-субстратов ИН ПВЧ, различающихся структурой линкера между ATCUN-пептидом и олигонуклеотидом. Причем если в случае 5-этинил-2’-дезоксиуридиновых производных выходы конъюгатов составляли порядка 40-60%, то в случае использования октан-1,6-дииновых производных выходы конъюгатов достигали 90-95%. | ||
2 | 1 января 2013 г.-31 декабря 2013 г. | Создание реакционноспособных аналогов олигонуклеотидов для необратимого ингибирования ДНК-связывающих белков и изучения строения ДНК-белковых комплексов |
Результаты этапа: |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".