|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
In silico analysis of transcriptomes of the marine microalga Duinaliella tertiolecta: identification of sequences encoding P-type ATPases Popova L.Gстатья
Информация о цитировании статьи получена из
Web of Science,
Scopus
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 2 октября 2018 г.
- Авторы: Popova L.G., Belyaev D.V., Shuvalov A.V., Yurchenko A.A., Matalin D.A., Khramov D.E., Orlova Y.V., Balnokin Y.V.
- Журнал: Molecular Biology
- Том: 52
- Номер: 4
- Год издания: 2018
- Издательство: Maik Nauka/Interperiodica Publishing
- Местоположение издательства: Russian Federation
- Первая страница: 520
- Последняя страница: 531
- DOI: 10.1134/S0026893318040167
- Аннотация: В работе проанализированы собранные de novo транскриптомы морской микроводоросли Dunaliella tertiolecta (отд. Chlorophyta). Массивы прочтений РНК для сборки транскриптомов взяты из информационной базы SRA (DNA and RNA Sequence Read Archive, NCBI). Была осуществлена как сборка транскриптомов на основе индивидуальных представленных в SRA библиотек коротких прочтений РНК, так и сборка «усредненного» транскриптома на основе объединенных в один массив прочтений из разных библиотек. Цель анализа - идентификация in silico нуклеотидных последовательностей, кодирующих АТФазы Р-типа. АТФазы Р-типа играют важную роль в адаптации организмов к изменяющимся условиям среды, что особенно актуально для микроводорослей, обитающих в средах с нестабильным ионным составом. Особое внимание уделялось поиску последовательности, кодирующей Na+-АТФазу. Предполагается, что этот фермент функционирует в плазматической мембране D. tertiolecta, подобно тому, как это наблюдается у ряда других морских микроводорослей, и, в частности, у близкородственной микроводоросли Dunaliella maritima. Полученные при анализе транскриптомов D. tertiolecta результаты сопоставляются с результатами геномного секвенирования близкородственной микроводоросли D. salina В собранных de novo транскриптомах D. tertiolecta были найдены последовательности для 12-ти различных АТФаз Р-типа, среди которых есть представители каждого из пяти основных подсемейств этого семейства АТФаз. Идентифицированы in silico: АТФазы, транспортирующие тяжелые металлы (подсемейство P1B), Ca2+-АТФазы типа SERCA (подсемейство P2A), H+-АТФазы (подсемейство P3), фосфолипид-транспортирующие АТФазы - флиппазы (подсемейство P4), катион-транспортирующие АТФазы с неопределенной специфичностью (подсемейство P5). Функционирование Na+-АТФаз у морских водорослей не вызывает в настоящее время сомнений, однако, вопреки ожиданиям, ни в одном собранном de novo транскриптоме D. tertiolecta не было найдено нуклеотидной последовательности, кодирующей белок, который можно было бы однозначно отнести к Na+-транспортирующим АТФазам. Необходимы дальнейшие исследования по выяснению роли АТФаз Р-типа, найденных у Dunaliella на уровне геномных и транскриптомных исследований, в транспорте ионов Na+.
- Добавил в систему: Балнокин Юрий Владимирович