Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPU

Суплатов, Д.А.; Шарапова, Я.А.; Попова, Н.Н.; Копылов, К.Е.; Воеводин, В.В.; Швядас, В.К.

Авторы: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
Сборник: Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва)
Год издания: 2018
Место издания: Издательство МГУ Москва
Первая страница: 705
Последняя страница: 716
Аннотация: Проведен сравнительный анализ вычислительной эффективности и масштабируемости молекулярной динамики (МД), реализованной в пакете AMBER, на реальных биологических системах с применением классического силового поля FF14SB с 4-х центровой моделью воды TIP4P - Ew, а также нового многообещающего поля FF15IPQ с 3-х центровой моделью воды SPC/Eb. Уменьшение количества атомов в ячейке на 25-31% в результате использования 3-х центровой модели растворителя ускоряет расчет МД до 63% и ухудшает масштабируемость до 11%. При этом полученные результаты могут качественно отличаться, что говорит о необходимости совместного использования разных силовых полей при изучении биологических систем. Использование GPU-ускорителей позволяет существенно увеличить длину траектории.
Добавил в систему: Попова Нина Николаевна

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ФНКЦ РР
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ФНКЦ РР

Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPUстатья

Прикрепленные файлы