|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
SAPPHIRE: автоматический пайплайн для анализа данных высокопроизводительного секвенирования ампликонов и реконструкции филогенииГорюнов Д.В., Сотникова Е.А., Шеремет А.Б., Горюнова С.В., Троицкий А.Втезисы доклада
- Авторы: Горюнов Д.В., Сотникова Е.А., Шеремет А.Б., Горюнова С.В., Троицкий А.В.
- Сборник: Материалы IV (XII) международной ботанической конференции молодых ученых в Санкт-Петербурге 22-28 апреля 2018 года
- Тезисы
- Год издания: 2018
- Издательство: БИН РАН
- Местоположение издательства: Санкт-Петербург
- Первая страница: 260
- Последняя страница: 261
- Аннотация: Данные секвенирования нуклеотидных последовательностей активно используются для реконструкции филогении на протяжении уже нескольких десятилетий. На первых порах важным фактором, ограничивающим их применение, была значительная трудоемкость процедуры секвенирования. Даже с появлением секвенаторов, осуществляющих процедуру определения первичной структуры ДНК по методу Сэнгера в автоматическом режиме, стоимость и трудоемкость подобного анализа оставались достаточно высокими для масштабных филогенетических изысканий. Ситуация в корне изменилась с появлением высокопроизводительного секвенирования нового поколения, позволившего многократно снизить стоимость секвенирования. К сожалению, использование данных секвенирования нового поколения зачастую требует от исследователя опыта работы в Unix-окружении, а также владения хотя бы начальными навыками программирования. Все это мешает их активному использованию в среде классических биологов-экспериментаторов. Для решения этой проблемы нами был разработан автоматический пайплайн SAPPHIRE. SAPPHIRE реализован на языке C#, для создания графического интерфейса были использованы WindowsForms. Функционал данного open-source программного продукта позволяет проводить основные этапы обработки данных высокопроизводительного секвенирования ампликонов с использованием понятного для обычного пользователя графического интерфейса (GUI). Таким образом, SAPPHIRE позволит исследователям без существенного опыта в анализе NGS данных активно использовать их для реконструкции филогении и решения других повседневных задач.
- Добавил в систему: Троицкий Алексей Викторович