|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb: сравнительный анализ на GPU и CPUстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКДата последнего поиска статьи во внешних источниках: 1 августа 2019 г.
- Авторы: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
- Журнал: Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика"
- Том: 8
- Номер: 1
- Год издания: 2019
- Первая страница: 71
- Последняя страница: 88
- DOI: 10.14529/cmse190105
- Аннотация: Проведен сравнительный анализ вычислительной эффективности и масштабируемости молекулярной динамики (МД), реализованной в пакете AMBER, на реальных биологических системах с применением классического силового поля FF14SB с 4-центровой моделью воды TIP4P-Ew, а также нового многообещающего поля FF15IPQ с 3-центровой моделью воды SPC/Eb. Были использованы классические процессоры Intel Xeon E5-2697 v3, а также GPU ускорители Tesla K40 (архитектура Kepler) и P100 (Pascal). Уменьшение количества атомов в ячейке на 25–31 % в результате использования 3-центровой модели растворителя ускоряет расчет МД до 63 % и ухудшает масштабируемость до 11 %. При этом полученные результаты могут качественно отличаться, что говорит о необходимости совместного использования разных силовых полей при изучении биологических систем. Использование GPU-ускорителей как альтернативы классическим CPU позволяет существенно увеличить длину траектории в повседневной практике.
- Добавил в систему: Суплатов Дмитрий Андреевич