|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Программа Haplomatch для сравнения STR-гаплотипов Y-хромосомы и ее применение к вопросу происхождения донских казаковстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 3 октября 2016 г.
- Авторы: Чухряева М.И., Иванов И.О., Фролова С.А., Кошель С.М., Утевская О.М., Схаляхо Р.А., Агджоян А.Т., Богунов Ю.В., Балановская Е.В., Балановский О.П.
- Журнал: Генетика
- Том: 52
- Номер: 5
- Год издания: 2016
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 595
- Последняя страница: 604
- DOI: 10.7868/S0016675816050040
- Аннотация: STR-гаплотипы Y-хромосомы широко используются как эффективные генетические маркеры при изучении популяций человека и проведении криминалистических ДНК-экспертиз. При этом часто возникают задачи сравнения отдельных индивидуумов или целых популяций по спектру гаплотипов. Подобные задачи являются мало выполнимыми вручную в силу их большой трудоемкости. Нами предложен алгоритм определения сходства STR-гаплотипов, пригодный для анализа массовых выборок, и разработана компьютерная программа Haplomatch, позволяющая находить гаплотипы, отличающиеся от анализируемого гаплотипа на любое число мутационных шагов. Программа может функционировать в двух режимах: сравнение индивидов и сравнение популяций. Гибкость программы (возможность использования не встроенной, а любой внешней базы данных), удобство использования (работа происходит с таблицами MS Excel) и возможность распространения на гаплотипы других хромосом и других биологических видов могут сделать ее новым полезным инструментом в популяционно-генетических, криминалистических и генеалогических исследованиях. Программа Haplomatch размещена в свободном доступе на нашем сайте www.genofond.ru. Возможности программы продемонстрированы на примере исследования генофонда казаков. Проведен экспериментальный анализ разнообразия Y-хромосомы в репрезентативной выборке (N = 131) верхнедонских казаков. По спектру STR-гаплотипов обнаружена генетическая близость казаков с восточнославянскими популяциями (в частности, с южными русскими, русскими Центральных регионов России и украинцами), что подтверждает гипотезу происхождения казаков преимущественно за счет русских и украинских выходцев. Также обнаружено небольшое генетическое влияние ногайцев, вероятно вызванное их вхождением в Войско Донское в составе “татарской прослойки”. Сходства с народами Кавказа у донских казаков не обнаружено. Этот пример показывает эффективность применения программы Haplomatch для популяционно-генетического анализа больших массивов STR-гаплотипов.
- Добавил в систему: Кошель Сергей Михайлович