Аннотация:При облучении молекул ДНК ультразвуком происходят двуцепочечные разрывы её нитей, причем относительные частоты разрывов в фрагментах ДНК зависят как от типа динуклеотида, в котором происходит разрыв, так и от окружающих нуклеотидных последовательностей. Анализ экспериментальных данных позволил нам ранее получить частоты разрывов в каждом из 16-ти динуклеотидов. Обнаружено, что межнуклеотидные связи, следующие за цитозином, расщепляются чаще, чем другие. Частоты расщепления убывают в ряду d(CpG) > d(CpA) > d(CpT) >> d(CpC). При подготовке образцов для секвенирования нового поколения (NGS) в ДНК тоже происходят двуцепочечные разрывы. Анализ данных по фрагментации геномной ДНК, которая проводится при помощи различных механохимических методов, даёт соотношения частот расщепления, близкие к полученным нами ранее экспериментально. Различие частот расщепления в разных позициях нуклеотидной последовательности ДНК связано с механохимическим механизмом её расщепления. и свидетельствует о локальных характеристиках двойной спирали ДНК. Мы предложили использовать для анализа локального конформационного состояния ДНК ряд параметров (индексов), характеризующих расщепление ДНК по разным нитям.