|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Бионформатические стратегии в липидомике: применение для медицинской диагностикитезисы доклада
- Авторы: Руднева В.А., Зезина Е.А., Каратассо Ю.О., Чистяков Д.В.
- Сборник: Материалы докладов XV Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов»
- Редакторы: Алешковский Иван Андреевич, Андреев А.И., Костылев Павел Николаевич
- Тезисы
- Год издания: 2008
- Место издания: Издательство МГУ; СП МЫСЛЬ Москва
- Аннотация: Уровни липидов меняются при различных заболеваниях: диабет, ревматоидный артрит, заболевания ЦНС (маниакально-депрессивный психоз, шизофрения, болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона), кожи и др. Поэтому детекция липидов как характеристик заболевания важна для диагностики многих заболеваний. В организме человека около 4000 липидов и 2000 белков, связанных с их метаболизмом. Существуют методы, позволяющие с достаточной точностью измерять концентрации отдельных липидов, однако метаболизм липидов – это совокупность взаимопереплетающихся и взаимодополняющихся биохимических путей, которые меняются при патологиях по большому количеству параметров. Нами предлагается использовать для диагностики новый метод – сравнение «паттернов» выбрасываемых клетками веществ липидной природы, без определения структуры отдельных липидов. Метод основан на разрабатываемых биоинформатических стратегиях в липидомике [1] и предложенным в нашей лаборатории методом детекции липидов с использованием масс-спектрометрии (ESI-MS с прямым вводом без предварительного хроматографического разделения компонентов) [2]. Цель данной работы - исследовать возможность разграничения нормальных и патологических состояний клетки по «спектру» выбрасываемых липидов. Исследования проводили на линии клеток человека U937, которые обрабатывалась липополисахаридом (ЛПС) для имитации воспалительного процесса. Через 24 часа стимуляции ЛПС, отбирали среду культивирования клеток, липиды экстрагировали этилацетатом и высушивали. Далее пробы анализировались методом ESI/MS с прямым вводом по разработанной ранее методике. Проведено сравнение 6 контрольных проб и 6 проб, выделенных из клеток, обработанных ЛПС. Из базы LIPIDMAPs были выбраны теоретически возможные липиды и определен диапазон их анализа (в интервале от 100 до 1000 m/z). Сравнение проводили в отрицательной и положительной моде. Каждый вкол пробы дает набор данных из 9000 значений. Каждую пробу анализировали 3 раза при различных разведениях. В полученном суммарном массиве данных выявляли достоверно различающиеся значения. Проведенный анализ показал, что между «MS-спектрами» воспаленных и невоспаленных клеток существуют достоверные различия, значительно превышающие различия между отдельными контрольными пробами. Таким образом, предложенный подход может быть применен для медицинской диагностики заболеваний и патологических состояний, связанных с нарушением липидного метаболизма. Работа выполнена при поддержке РФФИ (грант 07-04-01160). [1] Laxman Yetukuri, Mikko Katajamaa, Gema Medina-Gomez, Tuulikki Seppänen-Laakso, Antonio Vidal-Puig, and Matej Orešič. Bioinformatics strategies for lipidomics analysis: characterization of obesity related hepatic steatosis, BMC Syst Biol., 2007, Feb 15;1:12. [2] Каратассо, Ю.О., С.Е. Алёшин, Н.В. Попова, В.В. Чистяков, М.Г. Сергеева, С.Д. Варфоломеев Количественный анализ простагландинов и полиненасыщенныхжирных кислот методом масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением. Масс- спектрометрия, 2007, 4(3): 173-178.
- Добавил в систему: Чистяков Дмитрий Викторович