|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
УКЛАДКА ДНК В ГИСТОНОПОДОБНЫХ КОМПЛЕКСАХ И 2D-КРИСТАЛЛАХ БЕЛКА DPSстатья
- Авторы: Терешкина К.Б., Терешкин Э.В., Крупянский Ю.Ф.
- Сборник: III ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ ФИЗИОЛОГОВ, БИОХИМИКОВ И МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ; VII СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ; X РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»; VII СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ. НАУЧНЫЕ ТРУДЫ
- Том: 2
- Год издания: 2021
- Место издания: Перо Москва
- Первая страница: 71
- Аннотация: Бактерии в условиях стресса используют специальный энергонезависимый механизм для поддержания порядка и защиты нуклеоида. Внутри клеток образуются устойчивые кристаллы ДНК с ДНК-стабилизирующим белком DPS. Однако точная локализация и форма укладки ДНК в нано-кристаллах DPS-ДНК не известна. В нашей работе было проведено молекулярнодинамическое моделирование процессов адсорбции длинноцепочечных молекул ДНК на 2D-нанокристаллах и додекамерах белка DPS (6gcm.pdb) бактерии Escherichia coli. Расчёты были проведены с использованием крупнозернистого представления молекул в программном комплексе Gromacs 2018 (силовое поле MARTINI 2.1_DNA). Выбран участок ДНК гена yhis генома E. coli с высокой адсорбционной способностью к белку DPS, содержащий 165 п.н. Анализ динамики проводился методом главных компонент. Проекции траекторий на собственные векторы позволили выявить три типа динамического поведения ДНК на поверхности кристалла DPS. Показано, что механизм адсорбции ДНК на поверхности кристалла зависит от локальных свойств кристалла (область N-концов, область остова) и расположения ДНК относительно главных направлений кристалла. При внесении разрывов в однослойный кристалл DPS: без ДНК происходит увеличение размеров разрывов, в то время как нити ДНК сдерживают расхождение участков кристалла и образуют прочные сшивки. Для определения возможности обвивания нитью ДНК одиночных додекамеров DPS, было проведено сравнительное исследование динамики ДНК в нуклеосоме (1aoi.pdb) и нуклеосомоподобной структуре ДНК-DPS. Изучено несколько типов обвивания (правозакрученная, левозакрученная, с различным числом витков). Для ДНК на додекамере DPS обнаружен переход от параллельной намотки ДНК (как нитка на катушке) к ступенчатой намотке (как нитка на клубке) с углом поворота нити 70 градусов, радиусом кривизны 5-5.5 нм, что превышает радиус кривизны ДНК в гистоне (4.5 нм). ДНК стабилизируется на додекамере DPS с помощью N-концевых участков.
- Добавил в систему: Терешкин Эдуард Владимирович