Аннотация:В работе представлено описание автоматизированного комплекса «Flux-NIES» для измерения потоков метана и диоксида углерода. Комплекс установлен и уже в течение 15 лет успешно функционирует в районе с. Плотниково, Бакчарского района Томской области. Ежегодно время работы комплекса определяется метеоусловиями, состоянием аппаратуры и обычно начинается в мае, а заканчивается в октябре, что захватывает основные фазы развития растительности и сезонные изменения гидрологического режим болот. Приводится методика обработки данных измерений и обсуждаются технические детали определения некоторых параметров методики.