|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Попарно-перекрестное сравнение транскриптомов млекопитающих в исследовании влияния полиплоидии на активность экспрессии генных модулей развитиястатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 7 сентября 2017 г.
- Авторы: Анацкая О.В., Эренпрейса Е.А., Никольский Н.Н., Виноградов А.Е.
- Журнал: Цитология
- Том: 57
- Год издания: 2015
- Издательство: Наука
- Местоположение издательства: СПб.
- Первая страница: 899
- Последняя страница: 908
- Аннотация: Разработка и развитие высокочувствительных методов биоинформатики связаны с необходимостью получения сведений о влиянии эпигенетических изменений на активность генов. Одним из факторов, вызывающих такие изменения, является полиплоидия, которая, сохраняя баланс дозы генов, может оказывать лишь довольно слабое влияние на их экспрессию. В настоящее время единой концепции относительно действия полиплоидии на транскриптом нет. Поэтому мы разработали интегративный биоинформационный метод определения слабых влияний полиплоидии на активность генов с помощью попарноперекрестного анализа транскриптомов тканей млекопитающих с разной степенью полиплоидизации. Преимуществом метода является его способность отделять видо- и тканеспецифические эффекты от эволюционно консервативных. Применение метода продемонстрировано на примере анализа генных модулей и сетей межбелковых взаимодействий, вовлеченных в координацию процессов развития. Исследования были проведены на полнотранскриптомных данных для сердца и печени человека и мыши. Показано, что активированные плоидностью гены обогащают (т. е. представлены выше случайного уровня) биологические процессы базы Gene Ontology (GO) и пути базы KEGG, относящиеся к развитию, морфогенезу и биологии стволовых клеток (включая сигнальные пути Hippo, Pi3K, WNT, Hedgehog и TGF-ß) в большей степени, чем подавленные плоидностью гены. Структура и состав сетей межбелковых взаимодействий, построенных для регулируемых плоидностью генов, подтвердили результаты анализа генных модулей. Таким образом, наши данные впервые показали, что полиплоидия может регулировать модули развития, повышая их активность.
- Добавил в систему: Виноградов Александр Евгеньевич
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Anatskaya_i_dr_Tsitologiya15.pdf | Anatskaya_i_dr_Tsitologiya15.pdf | 3,5 МБ | 7 июня 2017 [aevin] |