|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ФНКЦ РР |
||
Оценка состава продуктов питания методами ДНК-баркодинга и высокопроизводиетльного секвенированиястатья Тезисы
- Авторы: Сперанская А.С., Логачева М.Д., Криницына А.А., Айгинин А.А., Хафизов К.Ф., Шипулин Г.А.
- Сборник: Безопасность пищевой продукции и анализ риска, материалы международной конференции
- Том: 1
- Год издания: 2017
- Место издания: Книжный формат Пермь
- Первая страница: 67
- Последняя страница: 68
- Аннотация: Развитие современных технологий привело к появлению нового подхода для идентификации видов организмов в многокомпонентных биологических образцах, представляющие собой смеси многих видов, физическое разделение которых невозможно, в частности, в продуктах питания. В общих чертах, этот подход представляет собой метагеномный анализ (анализ совокупного генетического материала всех организмов, входящих в состав образца), который проводится на основании высокопроизводительного секвенирования ДНК-штрихкодов, то есть коротких участков ядерной, митохондриальной или пластидной ДНК, содержащих позиции, специфичные для вида или для рода. Исследования, ориентированные на разработку готовых решений, основанных на этом принципе, в настоящее время активно проводятся большим количеством научных коллективов из разных стран. Мы представляем данные исследования методом высокопроизводительного секвенирования таких продуктов питания как травяные чаи и мед. Исследовались: (1) фиточаи от одного производителя, в состав которых, согласно маркировке на упаковке, входило от 11-12 видов растений. (2) многокомпонентные чаи нескольких торговых марок, в качестве одного из компонентов которых был заявлен иван-чай, растение популярное среди людей, предпочитающих ЗОЖ, (3) мед, приобретенный у фермеров на минирынках Москвы и Курска. Анализ проводился с помощью двух технологий для высокопроизводительного секвенирования: Illumina (MiSeq) и полупроводниковой (Ion S5), использовался один из наиболее перспективных для целей метабаркодинга ДНК-штрихкод ITS1-5.8SrRNA-ITS2. Для анализа результатов секвенирования была создана локальная база данных референсных последовательностей и разработан набор скриптов для автоматической обработки данных. Нами были проверены разные методы выделения нуклеиновых кислот из травяных чаев и меда, а также различные способы подготовки библиотек для высокопроизводительного секвенирования. В качестве контрольных были использованы искусственные смеси препаратов ДНК от образцов растений, хранящихся в депозитарии МГУ им. М.В. Ломоносова. Проведенный анализ продуктов показал, что (1) все проанализированные образцы фиточаев содержали примесные компоненты, которые представляли собой полевые сорняки, а также плесневые грибы родов Aspergillus, Alternaria и др. Большинство заявленных производителем растительных компонентов были идентифицированы до рода. Исключение составили компоненты, плохо поддающиеся лизису или содержащие небольшое количество нуклеиновых кислот (например, представленные фрагментами корней). (2) было установлено, что в двух травяных чаях иван-чай (род Chamerion) был заменен фенотипически схожим растением, дербенником (род Lythrum). (3) для образцов меда также был установлен состав растительных компонентов до рода. В образцах меда отсутствовали прочтения, относящиеся к плесневым грибам, найденным в травяных чаях, но были идентифицированы участки ДНК-штрихкодов грибов, вызывающих болезни пчел или развивающихся на меде (родов Bettsia, Metschnikowia, Wallemia ). В итоге, нами показано, что обе платформы секвенирования могут быть использованы для идентификации растительных компонентов до родов; Для повышения точности анализа необходимо адаптировать методики экстракции ДНК из «сложных» растений (содержащей большое количество вторичных метаболитов, представленных лигнифицированными частями). Использованный метод анализа не позволяет провести абсолютную количественную оценку примесных компонентов, хотя возможна относительная оценка содержание примесей.
- Добавил в систему: Сперанская Анна Сергеевна